Iako se danas čini očiglednim, očito je da je čovjek tisućljećima ignorirao činjenicu da su mikroskopski organizmi uzrokovali određene bolesti.
Do 1600. godine tzv. Teorija spontane generacije smatrana je valjanom, prema kojoj se neki organizmi mogu spontano generirati iz neživih tvari. Klasičan primjer je ličinka, za koju se vjeruje da se može generirati iz ničega u komadu raspadnutog mesa.
Prvi koji je ovu teoriju poništio bio je Francesco Redi, osobni liječnik Velikog vojvode Toskane. Redi stavi dva komada svježeg mesa u dva odvojena spremnika, ostavljajući prvi otvoren i štiteći drugi od muha s mrežnicom. Nakon nekoliko dana primijetio je da samo otvorena posuda puzi s larvama. Redi je stoga pokazao da ličinke ne nastaju iz ničega, već potječu od jaja koje su položile muhe.
Postojanje mikroorganizama počelo je govoriti tek u osamnaestom stoljeću, zahvaljujući studijama modenese Lazzaro Spallanzani, koji je prvi skovao i uveo u medicinsku literaturu pojam "klica". Međutim, otkriće bakterija pripisuje se Antonyju Leeuwenhoeku (1632.-1723.), Trgovcu tekstila koji ima strast prema mikroskopima.
Leeuwenhoek je primijetio kako su, nakon pranja zuba, "živa bića" bila prisutna u naslagama kamenca. Ovo otkriće omogućeno je optimizacijom optičkog mikroskopa, koji je sam Leeuwenhoek izgradio, a koji se dalje poboljšavao.
Pojava modernog mikroskopa, međutim, otvorila je nova pitanja o teoriji spontane generacije. Od prvih opažanja, zapravo, činilo se da je jednostavno izlaganje organskoj tvari zraku dovelo u kratko vrijeme do razvoja klica na njegovoj površini.
Francuski biolog Louis Pasteur intervenirao je kako bi negirao hipotezu o spontanoj generaciji mikroba. Pasteur je prokuhao malo juhe u staklenoj tikvici s dugim vratom, opremljenom posebnim kljunom u obliku slova S kako bi se spriječilo prodiranje prašine (i bakterija u nju). Pasteur je primijetio da, zahvaljujući tim uređajima, u bujonu nisu nastale bakterije i da se stoga klicke ne stvaraju spontano.
