PH fecesa je normalno neutralan ili blago alkalan (6, 8 - 7, 5). Više kisele stolice, fiziološke samo kod novorođenčadi, mogu ukazivati na crijevne infekcije (Escherichia coli, Rotavirus) ili probavne smetnje, kao što su nepodnošenje laktoze ili masti (steatorrhea od insuficijencije gušterače ili bilijarne staze).
Ako pH fecesa ima tendenciju povećanja u prisutnosti truljenja dysbiosis, ona ima tendenciju da ide dolje u prisustvu fermentativne dysbiosis, čiji uzroci porijekla se naći u prekomjerne ingestion ugljikohidrata ili u lošoj apsorpciji istog (celijakija) \ t, Čak iu prisutnosti obilnog unosa lipida, u vegetarijanskoj prehrani i produljenom gladovanju, pH fecesa postaje kiselinski.
Da bi se izbjegli poremećaji u rezultatima ispitivanja, feces ne smije biti kontaminiran urinom i mora se brzo rashladiti kako bi se spriječilo stvaranje amonijaka u urinu i gnojnih bakterija u fekalnom pH-u.