Točno podrijetlo virusa Marburg još nije poznato. Trenutno se vjeruje da bolest za koju je odgovorna može biti zoonoza koju održava jedna ili više domaćih životinja afričkog kontinenta. Međutim, dosadašnja istraživanja nisu omogućila identificiranje prirodnog spremnika bolesti, iako su analizirani mnogi kralježnjaci i člankonošci.
Prema Svjetskoj zdravstvenoj organizaciji, ljudi nisu dio prirodnog ciklusa virusa, pa bi zaraza u osnovi dolazila od slučajnog kontakta s drugim zaraženim primatom. Zapravo, dokumentiran je prijenos putem nekih vrsta majmuna, vjerojatno djelujući kao "pojačavajući domaćini" za virus Marburg. Nadalje, neki dokazi upućuju na to da primati mogu biti zaraženi izlaganjem šišmišima .
