Vjerojatnost prijenosa toksoplazmoze na fetus varira ovisno o gestacijskom razdoblju u kojem je majka zarazila infekciju: rizik je nizak na početku trudnoće i povećava se s vremenom. Naprotiv, ozbiljnost štete koju je dijete prijavilo je veća, čim dođe do prijenosa majke i fetusa. U slučajevima zaraze ugovorene unutar šestog mjeseca trudnoće, spontani pobačaj, prijevremeno rođenje ili rođenje ploda mogu predstavljati horioretinitis, hidrocefalus (ili mikrocefalija) i intrakranijsku kalcifikaciju. Ti neurološki znakovi mogu biti povezani s erupcijama kože, atrofijom vidnog živca, nistagmusom, žuticom, miokarditisom i upalom pluća.
U slučaju vjerojatne i utvrđene majčinske toksoplazmoze iz testa Toxo, da bi se znalo je li Toxoplasma gondii zapravo prešao placentarnu barijeru i zarazio dijete, indicirana je amniocenteza (ne prije 15. tjedna trudnoće). Uzorak amnijske tekućine uzet tijekom ispitivanja i podvrgnut PCR-u (lančana reakcija polimeraze) omogućuje potvrđivanje moguće prisutnosti DNK parazita, čime se dijagnosticira fetalna infekcija. S druge strane, ehografsko praćenje može pokazati jasne znakove oštećenja fetusa (intrakranijalna kalcifikacija, hidrocefalus, hepatomegalija, intrauterino usporavanje rasta). Nakon rođenja, sumnja na prirođenu toksoplazmozu potvrđena je uglavnom serološkim istraživanjima i prisutnošću znakova bolesti koji se mogu pojaviti i godinama kasnije, osobito u odsustvu terapije.
