Uzimanje kontracepcijske pilule može utjecati na razinu kolesterola u krvi. Težina ovog učinka ovisi o vrsti upotrijebljene kontracepcije, točnije o koncentraciji estrogena i progestina. Čini se da estrogeni sadržani u kontraceptivnim pilulama neznatno povećavaju razinu dobrog kolesterola (HDL), dok istovremeno smanjuju lošu razinu (LDL); konačni rezultat je blago povećanje ukupnog kolesterola, praćeno značajnim povećanjem triglicerida. Progestageni sadržani u kontraceptivnim pilulama imali bi umjesto toga suprotan učinak, s obzirom na tendenciju povećanja LDL kolesterola smanjujući HDL kvotu.