U službenoj farmakopeji postoje opće metode procjene, kemijske i biološke. Međutim, farmakognozija također koristi mnogo sofisticiranije metode, kao što su spektroskopske i kromatografske metode.
Procjena kakvoće lijekova s kemijskog stajališta pruža značajnu dubinsku analizu svojstvenu analitičkom kapacitetu korištenih instrumenata; Drugim riječima, lijek se procjenjuje na temelju količine i kvalitete aktivnih tvari sadržanih u njemu, koje su determinantne na analitički precizan način zahvaljujući iznimno preciznim kromatografskim instrumentima. Među tim kromatografskim tehnikama nalazimo: plinsku kromatografiju, maseni plin, HPLC (tekućinska kromatografija na koloni), ionsko-izmjenjivačku kromatografiju i kromatografiju na ploči (TLC, HPTLC). To su sve metodologije koje koriste kromatografski princip u kvalitativno-kvantitativnoj procjeni kemijskih tvari prisutnih u fitokompleksu. Stoga nam ovi instrumenti omogućuju da ocijenimo lijek kao fitokompleks, količinu i kvalitetu pojedinih kemijskih klasa, njihov omjer i količinu karakterističnog aktivnog principa.
Za procjenu fitokompleksa važno je usvojiti najprikladnije strategije za njegovu ekstrakciju, jer ne postoji analitička metoda kojoj nije prethodila ekstrakcija. Ekstrakcije su neophodne za tehničko-farmakološku procjenu lijeka ili, eventualno, za dobivanje elemenata upotrebe ovog lijeka, koji se mogu izravno smjestiti u tercijarni sektor. Metode ekstrakcije omogućuju dobivanje onih kategorija aktivnih principa koji se smatraju važnima u kvalitativnoj klasifikaciji lijeka, ili selektivno izdvajanje jedne ili više kategorija koje se smatraju izrazom njegove aktivnosti.
Aktivni principi, općenito, su molekule glikozida, alkaloida, terpena, antrakinona; svi sekundarni metaboliti koji su izraz relacijske biologije organizma; postoje, međutim, i molekule koje potječu iz primarnog metabolizma od zdravstvenog interesa, kao što su ugljikohidrati (škrob i njegovi derivati, celuloza i njeni derivati), proteini i posebno proteolitički enzimi (papain ili bromelain).
Prije nastavka ekstrakcije aktivnih sastojaka iz lijeka, potrebno je razmotriti kemijsko-fizičku karakterizaciju potonjeg; drugim riječima, prije ekstrakcije aktivnog sastojka potrebno je dobro poznavati njegovu kemijsku prirodu u smislu polariteta, jer je postupak ekstrakcije bitno reduciran na povezanost prikladnog otapala s lijekom. To otapalo, budući da je kemijski slično principu koji se ekstrahira, selektivno ga uklanja iz preostalog fitokompleksa; što se više naglašava taj kemijski afinitet, to će se bolje odvijati ekstrakcija ("slično rastvara slično"). Stoga je bitno da se s fitokemijskog stajališta zna načelo koje treba ekstrahirati, kako bi se otapalo ili smjesa otapala povezalo sličnije.
