Trenutno nije dostupno cjepivo ili lijek za profilaksu protiv afričkog tripanosomijaze . Stoga su preventivne mjere usmjerene na smanjenje kontakta s tse-tse mušicama.
Prvo, treba izbjegavati zaražena područja. Muhi tsetse je manje aktivna u najtoplijim satima dana, ali može napasti ako je ljuta. Treba imati na umu da ovaj kukac privlače pokretni objekti i svijetle ili tamne boje; može također ubosti laganom odjećom. Stoga je preporučljivo nositi košulje i hlače koje pokrivaju udove što je više moguće; osobito se preferira odjeća otpornog materijala i neutralne boje koje se stapaju s okolišem. Primjena repelenata na odjeću također može biti korisna. Rojevi tse-tse muha mogu pratiti vozila koja se kreću, pa je bolje zatvoriti prozore automobila kako bi ih spriječili da napadnu kabinu.
Borba protiv vektora kukaca može se provesti na razini okoliša s uništavanjem staništa za razmnožavanje, uporabom insekticida i zamki (bolje ako je impregniran s permetrinom) u skloništima za tse-tse muhe (savana scrub) i vegetacije duž vodotoka) i liječenje parazitiziranih subjekata (izvor infekcije za nosioce).
