Uz individualne mjere zaštite i kontrolu okoliša nosača, japanski se encefalitis može spriječiti cijepljenjem.
Cjepivo Ixiaro, koje je već odobrila FDA (Uprava za hranu i lijekove) u SAD-u i koje je odobrila EMEA (Europska agencija za lijekove), daje se intramuskularno u deltoidnoj regiji (nadlaktica), u 2 doze, a druga koji se inokulira 4 tjedna nakon prvog. Za dobru aktivnu imunizaciju, ciklus cijepljenja mora biti završen najmanje tjedan dana prije mogućeg kontakta s virusom japanskog encefalitisa.
Cjepivo za japanski encefalitis preporuča se putnicima koji dugo ostaju na otvorenom u endemskim područjima tijekom sezone u kojoj je prijenos infekcije najvjerojatniji; međutim, nije indiciran za osobe mlađe od 18 godina, za vrijeme trudnoće i dojenja.
