Podrijetlo virusa ebole nije poznato, ali na temelju dostupnih dokaza, šišmiš se smatra prirodnim spremnikom patogena.
Voćni šišmiši, poznatiji kao leteće lisice, veliki su šišmiši koji naseljavaju riječne šume . Poznate su najmanje tri vrste zdravih šišmiša koji nose virus (ebola ne izaziva nikakve simptome kod ove životinje): šišmiš s glavom čekića (Hypsignathus monstrosus), šišmiš od Franquetovih epoleta (Epomops franqueti) i šišmiš. iz ovratnika (Myonycteris torquata).
Ali kako je infekcija prešla s životinja na ljude? Za stanovnike Afrike, veterane godina građanskog rata, šišmiši su izvor hrane. I ne samo to. Zapadne i kineske tvrtke koje ulaze u džunglu zbog krčenja šuma i potrage za mineralima povećale su praksu uzgoja mesa, odnosno trgovine i potrošnje mesa dobivenog od divljih životinja. Muškarci, dakle, jedući antilope ili čimpanze zaražene šišmišima ( srednji domaćini ), mogu se zaraziti virusom ebole i proširiti infekciju.
