Patogeneza istražuje razvoj bolesti i lanac događaja koji su s njom povezani, a koji korak po korak određuju morfofunkcionalne promjene stanica i tkiva koje pripadaju zahvaćenim organima. Ove promjene mogu biti uzrokovane kemijskim, fizičkim ili biološkim agensima (virusi, bakterije itd.).
Dok etiologija određuje uzroke, patogeneza proučava njezine posljedice.
U čitanju medicinskih tekstova možemo ih stoga susresti u terminima kao što su: mikrobna patogeneza, upalna patogeneza, virusna patogeneza, maligna patogeneza (tendencija bolesti, općenito tumor, da se progresivno pogorša da postane potencijalno smrtonosna). Mnoge bolesti prepoznaju različite uzročne čimbenike (multifaktorijsku etiologiju), a još su brojnije one koje karakteriziraju različiti evolucijski mehanizmi (višestruka patogeneza).