Iako je u tom smislu manje opasan od alkohola, čak i kofein može pojačati nuspojave nekih lijekova ili promijeniti njegovo funkcioniranje.
Kofein djeluje protiv djelovanja lijekova za nesanicu, antagonizirajući njihove sedativne učinke i sve veće poteškoće pri spavanju.
Kod osoba koje primaju terapiju s teofilinom, aminofilinom ili drugim srodnim ksantinskim bronhodilatatorima, kofein može uzrokovati razdražljivost, tahikardiju, tremor i nervozu.
Kofein također povećava rizik od nuspojava nekih lijekova koji se koriste u psihijatriji, kao što je antipsihotični klozapin; također smanjuje razinu litija u plazmi.
Kinolonski antibiotici poput enoksacina, ciprofloksaksina, grepafloksacina, levofloksacina i norfloksacina uzrokuju nakupljanje kofeina u tijelu (visoke doze kofeina u tijelu mogu uzrokovati probleme s mučninom, povraćanjem, nervozom, tjeskobom, tahikardijom i konvulzijama).
Kofein u interakciji s inhibitorima MAO povećava učinke stimulusa na simpatiku. Zbog toga mogu postojati epizode srčane aritmije ili teške hipertenzije zbog kombinacije MAO inhibitora i kofeina.
Kod subjekata liječenih antikoagulansima (kumadin - varfarin), antiagregacijsko djelovanje kofeina povećava rizik od krvarenja.
Kofein smanjuje učinkovitost lijekova koji se koriste za borbu protiv urinarne inkontinencije.
U slučaju povezanosti s NSAID-ima, kofein može pojačati gastrolezijski učinak potonjeg.
Razine kofeina u serumu mogu se povećati istovremenom primjenom oralnih kontraceptiva.
Prisjetimo se, zaključimo, da je kofein sadržan ne samo u kavi, već iu mnogim namirnicama, kao što su koka-kola, energetska pića i čaj, te u nekim dodacima prehrani (npr. Oni koji sadrže kolu, mate ili guaranu).